新生儿肝酶系统不足，同时肾排泄能力差，一些毒性大的抗菌药物，如主要经肝代谢的氯霉素、磺胺，主要自肾排泄的氨基糖苷类、万古霉素、多黏菌素类、四环素类、硝基呋喃类等药物均应尽量避免给儿童应用。

①四环素类(四环素、地霉素、地美环素、胍甲环素、多西环素、米诺环素、美他环素)可与新形成骨和牙齿中所沉积的钙相螫合，从而引起牙齿的色素沉着牙釉发育不全(黄褐牙)，进而易于发生龋齿，故对新生儿或8岁以下儿童禁用。

②氨基糖苷类抗生素(链霉素、庆大霉素、卡那霉素、新霉素、奈替米星、阿米卡星)对儿童的肾和听神经有严重损害，年龄越小的婴儿其肾功能发育不良而对这些药排泄越慢，使血浆药物半衰期较成人为长。因此，常造成药物性肾炎和听神经功能障碍而致耳聋，部分小儿造成永久听力下降和听力丧失，故新生儿不宜使用。

③氟喹诺酮类(诺氟沙星、氧氟沙星、依诺沙星、环丙沙星、培氟沙星、洛美沙星、妥舒沙星、左氟沙星、司帕沙星、氟罗沙星、加替沙星)所致的不良反应发生率约5%，常见有短时的恶心、呕吐、腹痛、腹泻，均不严重；偶见有头痛、眩晕、抑郁、失眠或嗜睡等神经症状。但最突出的不良反应是对幼年动物的软骨可致损害，使承重的骨关节细胞出现水泡和受损，虽在人类中尚未发现，但少数病例曾出现严重关节痛和炎症。因此，不宜用于骨骼系统未发育完全的18岁的儿童。  

④氯霉素类可致再生障碍性贫血、白细胞减少等不良反应，特别是长期、大量使用时更甚，对儿童不宜使用。